第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有176份），我选择的minGQ值为20（同时要移除InDel），结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000，但是我查过一些资料，GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况如何处理，可否将最小GQ按照课程的脚本设置为0呢。
第二，你们的GWAS课程提供的计算BLUP的脚本是否在不同物种之间通用
第三，做GWAS时，基因型填充对后续的分析有什么意义。
第四，你们GWAS课程有没有计算遗传力相关的脚本。