5 老师这条代码里面INV[0-9]、DUP[0-9], 0-9是什么意思,输出文件中INV后面跟着的数字代表什么

for query in An1 C24 Cvi Eri Kyo Ler Sha;do 

  # 提取INS插入和DEL 的SV 大于 50bp

  awk '$1 ~ /#/ || ($3 ~ /^INS/ || $3 ~ /^DEL/) && (length($5)-length($4)>50 || length($4)-length($5)>50)' $query.syri.vcf | sed  "/^#CHROM/s/sample/${query}/" > $query.INS_DEL.vcf

  # 提取SR : INV TRANS

  awk '$1 ~ /#/ || ($3 ~ /^INV[0-9]/ || $3 ~ /^TRANS[0-9]/ ) && $8 ~ /VarType=SR/' $query.syri.vcf | sed  "/^#CHROM/s/sample/${query}/" > $query.INV_TRANS.vcf

  ## 提取CNV : DUP 提取拷贝数变异中的重复DUP

  awk '$1 ~ /#/ || ($3 ~ /^DUP[0-9]/ && $8 ~ /VarType=SR/)' $query.syri.vcf | sed  "/^#CHROM/s/sample/${query}/" > $query.CNV.vcf

done


请先 登录 后评论
  • 0 关注
  • 0 收藏,47 浏览
  • Oho 提出于 3天前

相似问题