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这个一般是分箱之后,每个属菌都去挖掘一下功能汇总一下,,然后这些功能和他们对应的这个功能类别,用桑基图连起来就行因为级别比较高,所以组装以后的数据注释一下,得到物种,功能对印关系也能做
老师 我查了一下这个分析的原始数据是这样的，右半边的数据，我们如果想复现 应该从哪里获取？是eggNOG的pathway文件吗？
想继续追问一下老师，如果我是使用组装后注释文件先做一下，我应该用哪个文件做出这个原始表
看起来应该是需要微生物分类数据 代谢反应数据 关联频率数据 这3个表才能做出来 想咨询一下 这3个表应该从哪里得到 谢谢
就是这3中数据 数据库不确定是那个,没见过这样的, 可能是作者对FAPROTAX里的代谢类别稍微分类了一下,名字看起来像 关联频率数据看他的值的大小, 像是丰度, 就是物种里这个功能的百分比, 这个不确定啊,你这个图是不文章里来的,他没写吗 怎么做就是对组装以后得到的片段分别物种注释,和功能注释,得到物种和功能的对应 然后把物种按门归类,他们对应的功能也归类,一个门里就会有很多功能,调出你需要的功能就可以了,如果关联频数是丰度,那就直接计算就行
看起来应该是需要微生物分类数据 代谢反应数据 关联频率数据 这3个表才能做出来 想咨询一下 这3个表应该从哪里得到 谢谢
就是这3中数据 数据库不确定是那个,没见过这样的, 可能是作者对FAPROTAX里的代谢类别稍微分类了一下,名字看起来像 关联频率数据看他的值的大小, 像是丰度, 就是物种里这个功能的百分比, 这个不确定啊,你这个图是不文章里来的,他没写吗 怎么做就是对组装以后得到的片段分别物种注释,和功能注释,得到物种和功能的对应 然后把物种按门归类,他们对应的功能也归类,一个门里就会有很多功能,调出你需要的功能就可以了,如果关联频数是丰度,那就直接计算就行