GWAS分析发现的问题如下:第一,过滤水稻vcf的RawData时(群体有176份),我选择的minGQ值为20(同时要移除InDel),结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000,但是我查过一些资料,GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况如何处理,可否将最小GQ按照课程的脚本设置为0呢。 第二,你们的GWAS课程提供的计算BLUP的脚本是否在不同物种之间通用 第三,做GWAS时,基因型填充对后续的分析有什么意义。 第四,你们GWAS课程有没有计算遗传力相关的脚本。

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1 个回答

如果你用这个参数(minGQ)过滤之后过滤掉很多位点的话,可以酌情考虑不过滤,还是以你的参考文章为主;BLUP脚本和物种没有关系,是多年多点数据的话可以使用;如果你的位点缺失率比较高的话,可以用beagle做一下填充;GWAS课程相关内容请咨询客服

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