20 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析,无法获取longest_isoform.gff3文件

从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载了33个泛基因组的基因组文件和gff文件,使用agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令无法获取水稻的33个泛基因组的longest_isoform.gff3文件,总是报错。

但是确实文章中指出的下载位置就是https://ricerc.sicau.edu.cn/。

请问各种做水稻泛基因家族的朋友怎么解决这个问题的

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3 个回答

你需要给我们提供一下明确的报错信息截图,你可以看一下发表问题的规范:https://www.omicsclass.com/article/82

因为软件报错的原因有很多种,需要有针对性解决

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落日与晚风

1.代码示例

attachments-2025-03-fIwwu7oc67e6141d530fd.png

attachments-2025-03-gjD6FYOS67e61458f00c5.png

attachments-2025-03-TxjlHvHK67e61472b250e.png

2.原文件和生成文件对比

(1)原文件

attachments-2025-03-TpaqtC1S67e614bfb9866.png

(2)生成文件

attachments-2025-03-eL355GLi67e6151370ce1.png


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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

已经生成GFF了,不知道你说的报错指的是什么?

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  • 落日与晚风 提出于 4天前

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