你需要给我们提供一下明确的报错信息截图,你可以看一下发表问题的规范:https://www.omicsclass.com/article/82
因为软件报错的原因有很多种,需要有针对性解决
从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载了33个泛基因组的基因组文件和gff文件,使用agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令无法获取水稻的33个泛基因组的longest_isoform.gff3文件,总是报错。
但是确实文章中指出的下载位置就是https://ricerc.sicau.edu.cn/。
请问各种做水稻泛基因家族的朋友怎么解决这个问题的