老师,用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后,出现了报错,分别截图了基因型文件,表型文件和报错信息,请老师解答。文件是用的tsv格式,只是用excel打开了,命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

attachments-2025-04-OmA1hxKK67f9197e1e4d3.jpgattachments-2025-04-Bxxv8A8a67f5e0ba8f120.pngattachments-2025-04-pBd05wU767f5e0cd9eeda.pngattachments-2025-04-apPGPDQF67f5e0d5c7a17.pngattachments-2025-04-apPGPDQF67f5e0d5c7a17.png

run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt     -fork2 -importGuess GZ.tsv      -combine3 -input1 -input2  -intersect -FixedEffectLMPlugin    -endPlugin -export hd

检查了表型,都是数据,表型也更改为下划线了,依然是同样的报错attachments-2025-04-BZ68pek167fc702f42682.pngattachments-2025-04-UQ8sEJEV67fc7036136e2.png

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你的命令行贴一下,excel文件不能直接输入的,需要把输入数据保存成文本文件才行;

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你看一下你的表型数据里面有没有奇怪的数据,第二例应该都是数值型数据,检查一下有没有混进去奇怪的字符

,还有就是你的性状名称中不要有空格,你可以用下划线连接

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  • zjc 提出于 2025-04-09 10:53

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