T2T基因组调研图中jellyfish -h和genomescope.R -m 都是设置的10000000,设置的依据是什么,不同作物有差异,怎么选择参数呢

jellyfish -h 和genomescope.R -m教程中设置的1000000,不同物种有差异吗,怎么选择呢?

jellyfish histo -v -t 4 -h 10000000 -o illu.histo illu
# histo输出k-mer频率直方图数据,统计出现了x(x=1,2,3…)次的kmer的数目y
# -v 输出详细信息
# -h 最高计数值

genomescope.R -i illu.histo -o genomescope_out -p 2 -k 21 -m 10000000
# -p PLOIDY,倍性
# -m 最大 Kmer 覆盖阈值

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1 个回答

Ti Amo

设置依据是前面那一步,jellyfish stats -o illu.stat illu,这一步的结果illu.stat里面有个Max_count,-h和-m设置的比这个数字大就可以了。不同样本的差异根据这个统计结果判断。

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  • 青春无悔 提出于 4天前