使用单细胞转录组课程中的代码进行GSVA分析时,找不到所关注的通?

源代码里的CP:KEGG通路只有186条,找不到我所关注的比如Th17 分化通路应该怎么办?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

内置的 基因集数据库用的R包是这个:msigdbr 说明:https://igordot.github.io/msigdbr/articles/msigdbr-intro.html

常见基因集:


gs_catgs_subcatnum_genesets
C1299
C2CGP3384
C2CP29
C2CP:BIOCARTA292
C2CP:KEGG186
C2CP:PID196
C2CP:REACTOME1615
C2CP:WIKIPATHWAYS664
C3MIR:MIRDB2377
C3MIR:MIR_Legacy221
C3TFT:GTRD518
C3TFT:TFT_Legacy610
C4CGN427
C4CM431
C5GO:BP7658
C5GO:CC1006
C5GO:MF1738
C5HPO5071
C6“”189
C7IMMUNESIGDB4872
C7VAX347
C8“”700
H“”50


如果 没有自己关注基因集 可以按照示例数据自己准备基因集文件;

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