如何合并两个单细胞测序中的两个子集？

我把CD8T和NK细胞取子集后进行了重聚类，resolution都是0.2，然后生成了CD8new.added.celltype.rds和NK.added.cellytype.rds两个文件，现在我要把这两个文件，但总是提示报错。

CD8new.added.celltype.rds的meta文件：CD8.added.celltype.metadata.tsv

NK.added.cellytype.rds的meta文件：NK.added.celltype.metadata.tsv

我的代码：Rscript $scripts/merge_seurat_obj.r -i ../05.Find_Markers/NK.added.celltype.rds \

> ../05.Find_Markers/CD8new.added.celltype.rds -p all.sample.merged

我的报错：

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2天前

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

还是用之前的脚本合并：示例脚本在： 03.seurat_cluster.sh

#合并数据
Rscript $scripts/merge_seurat_obj.r -i CD4.added.celltype.rds CD8.added.celltype.rds   -p all.sample.merged