使用monocle3进行轨迹分析报错

使用单细胞转录组学课程中的代码使用monocle3进行轨迹分析报错。

这是我的代码: Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \--use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 4

这是CD4.added.celltype.rds所对应的meta文件:

CD4.added.celltype.metadata.tsv

这是报错:attachments-2025-04-UgLKfBZi680df12f81aed.png

按照老师的要求修改代码之后依然报错,而且报同样的错:

我修改的代码:attachments-2025-04-QxZ0Ybvt680e08a87ac9c.png

报错:attachments-2025-04-qx4o5SoB680e09003fb93.png

出图:attachments-2025-04-iPntU0X4680e08b26d253.png

请先 登录 后评论

2 个回答

Zzz

attachments-2025-04-dMCjUUAx680dff5f96fd7.png老师,图生成到这里就停了

请先 登录 后评论
omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你的轨迹可能只有一个,导致报错,打开那个R脚本这里修改一下:

attachments-2025-04-pAzwC8qa680e02b4bf0f7.png

请先 登录 后评论