5 如何评价系统进化树的构建的结果
老师，您好，我现在通过转录组测序的数据找到某个蛋白质家族中的不同成员在两个实验对象中具有差异，所以想对这个蛋白质家族成员构建系统发生树，具体操作是从网上下载了她们的DNA序列和蛋白质序列，导入至maga软件中进行序列比对之后建树，在做DNA序列比对时发现有很多空位，最终也把树建起来了，但是和我预想的结果不同，不知道这个建树的步骤是不是合适？
最佳答案 2018-08-03 02:00
可以适当删除一些比对较差的GAP区域，保留比对结果中比较保守的区域，再进行系统进化树构建。至于系统进化树的好坏，可以变换下参数，再做几次，看看有没有符合预期的；
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