如果还是继续用GDCdownload下载数据的话，之前筛选出来的primary site就没有被用到，下载之后还是所有HNSC的表达数据，看了一下GenomicDataCommons这个包里有有一个gdcdata函数，应该是用来下数据的，但是不太会写代码。
你可以下将所有的数据下载下来，之后筛选primary site 对应的样本。 如何筛选primary site 对应的样本，请参考 https://www.omicsclass.com/article/672
如果还是继续用GDCdownload下载数据的话，之前筛选出来的primary site就没有被用到，下载之后还是所有HNSC的表达数据，看了一下GenomicDataCommons这个包里有有一个gdcdata函数，应该是用来下数据的，但是不太会写代码。