MCSCANX共线性图代码报错,看了其他提问和回答没能解决。

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报错信息：Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException

at family_circle_plotter.paint(family_circle_plotter.java:197)

at family_circle_plotter.main(family_circle_plotter.java:334)

有看到相同的问题，于是检查了自己文件内容格式及路径

AT.gff 以及 AT.collinearity

下面是他们的路径

还有两个文件及其路径MAD-box-family.txt family.ctl

恳求老师帮忙看下问题所在。

谢谢老师。

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3 个回答

安生水 2019-01-24 14:04

擅长：perl,基因家族,linux,chip-seq

你确认一下AT.gff 中是否包含family.ctl中的8条染色体，并确认一下染色体ID是否一致。

。翟 2019-01-24 20:34

我用测试数据可以做出图来，比较了各个文件的格式没有发现问题，老师求指点迷津啊

omicsgene

文件格式要是没问题，在linux中确认一下路径是否写错。不要在windows当中看文件路径，windows当中看的可能会错；

陈塘关山渣 2019-01-28 19:28

同学解决了吗我也遇到一模一样的问题了

。翟

抱歉没有额，你呢解决没？

陈塘关山渣

我把逗号的输入法改了就好了

。翟回复陈塘关山渣

啥？命令里的么？还是文件里的

余生回复。翟

我最近也用mcscanX作图，我发现下载的family.ctl用直接用Vi编辑（即vi family.ctl），直接修改不使用使用复制粘贴就没有报错，试了几个物种也可行（每次换物种分析的时候family.ctl文件我是又重新下载的，我猜可能是文件反复编辑出了问题）,你可以试下有没有效果。

留意回复陈塘关山渣

哪个文件

omicsgene 回复余生

应该是windows和linux文件编码格式问题，尽量在linux编辑文件；