各位老师，就构建WGCNA共表达网络，我有一个疑问：我分析了一个芯片27例癌旁，30例癌（这些癌和癌旁有些事配对的，有些又不配对）。我筛选出癌和癌旁的DEGs之后，准备构建加权网络。但是这里用于构建加权网络的差异基因数据是要用哪些样品的？单单拿癌的good samp的差异基因表达矩阵来构建WGCNA？还是癌和癌旁的good sample的差异基因表达矩阵都一起拿来构建。如果癌和癌旁都要导入的话，那么，探究和性状关联的时候，是关联癌和癌旁的临床性状？还是直接导入癌的？
1. 主要看你研究的性状，比如你研究的是癌症分期，预后等性状，那么肯定用癌症组织的。
2. 不建议采用差异表达的基因，请参考 "WGCNA分析要求"
