RNA SEQ数据有原始的计数数据,标准化后的计数数据,还有转化后的FPKM或者RPKM数据这么多种。请问各位老师,应该拿哪一种数据来构建WGCNA网络
用FPKM数据或者RPKM数据。
更多见:https://www.omicsclass.com/article/138
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只要是标准化的数据都可以,不能是原始的计数数据,标准化的count/FPKM/RFPKM都是可以进行分析的。当然如果有其他的分析,注意和其他分析使用的数据一致比较好。