tcga生存分析

自己按照老师在社区里面发的那个http://www.omicsclass.com/article/173

整理了一个exprSet文本,前面运行都是正常的,

到unicox(‘某基因’)这一步以后,能导出计算的数值,

我想画成图,比如has.mir.206这个miRNA,

> group <- ifelse(exprSet$hsa.mir.206>median(exprSet$hsa.mir.206),'high','low')

> sfit <- survfit(Surv(OS,vital_status)~group,data=exprSet)

到sfit这一步报错了,

Error in time[[i]] <- sort(unique(y[who, 1])) : 

  attempt to select less than one element in integerOneIndex

我导入的exprSet是,

exprSet <- read.table("E:/TCGA/mirna-log2-2.txt",header = T,sep="\t",na ="NA")

不知道该怎么解决,问题是我还成功绘制过一张图片。。。不知道怎么解决

attachments-2018-07-r54QsDTW5b55d3e5a4364.jpg

求教。。不太明白为何能计算出值,但是不能绘图


老师,我发现我的数据原本是count数据,然后我对他进行log2,出现了0和不可计算的值,我对出现的#NAME,我全部替换成NA,然后我发现还有一些数据能计算那个cox计算,但是它们里面存在0值的就无法绘图,是不是也需要把0值替换掉。求教了,因为我发现可以绘图的那几个数据不存在0值。。。。。。

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1 个回答

microRNA

1. 为了防止数据中出现NA, 可以采用log2(count +1) 。 

2. 数据中不能存在NA 


您可以学习一下我的TCGA系列课程:

TCGA-生存分析


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  • belive 提出于 2018-07-23 17:17

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