5 学习中遇见的问题

请教一个问题,目前正在学习生物信息这门课程,按照模型在银杏中提取到了200多个目的蛋白mega_id_pep.fa,下一步准备在目的蛋白质中提取motif的过程中,使用meme命令,设置请见图片,命令运行后就一直停在一个地方不动了,大概有2个多小时了,不知道怎么回事,跪求解答。attachments-2019-02-kVSzceAm5c6a5a81431fa.jpg

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3 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

meme分析搜索motif比较耗时:

看你的截图:

1.输入文件很大,应该是序列很多,可以修改-maxsize 后面的数字,再改大一些;

2.输入的序列很多,meme需要时间运行,请耐心等待。时间太久可以转后台运行。


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lord of king - 老师

非常感谢老师及时的答疑解惑!

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安生水
擅长:perl,基因家族,linux,chip-seq

序列较多时meme分析速度较慢,耐心等待即可

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