请问转录组分析中的物种分布是怎么统计出来的?

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

没明白你的问题,物种分布指的是什么?  请贴图或者提供更多信息,才好回答。

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Daitoue

你这个问题最好细节描述一下,或者给一张示例图什么的?不知道你指的是不是无参转录组里面 NR数据库的比对结果,结果一般是类似下面这张图片:

attachments-2018-07-ipxw2PSD5b56eafa37b30.jpg(图片摘自:基于RNA-seq技术对乌鳢和斑鳢肝脏的转录组分析,刘凯,2015)


首先确保本地建库过程中包含物种信息;


无参转录组分析,通过denovo组装获得unigenes,利用这些unigenes和NR数据库进行比对blast分析,获得同源基因及物种结果,之后绘图即可

blastx -outfmt 5

参数-outfmt 5可以输出xml,文件中hit_def能找到物种信息

补充评论七图片:


attachments-2018-07-eThpwNLe5b5701c37aa15.jpg


或者在-outfmt 6等(6、7、10、17)格式中控制输出内容:

-outfmt '6 ssciname'

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  • fangyue 提出于 2018-07-24 14:33

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