在做WGCNA分析时，基因表达数据文件的基因的ID在最后一列，由于数据量很大，改动可能造成数据混乱，所以想请问一下，代码需要做怎么的改动让他识别左后一行才是名称呢？

如果用的是read.table 参考一下https://www.omicsclass.com/article/98 注意设置row.names的参数为特定的列，获得的矩阵将会行名是基因ID

下问代码：row.nams=A A值基因名的列数，你自己改成对应的数字吧。

fpkm = read.table("lx_otu_table.xlsx",header=T,row.names=A,comment.char = "",check.names=F)
dim(fpkm)
datExpr0=as.data.frame(t(fpkm))
dim(datExpr0)

另注意文件只能是文本，xlsx后缀可能是个真excel，转换成普通文本使用吧

Daitoue

采纳率 16% | 回答于 2019-03-01 13:13

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其它 1 个回答

南瓜饼 2019-03-01 14:58

感谢回答，还想继续问一下，我的数据时这样的

代码是这样：

fpkm = read.table("lx_otu_table.xlsx",header=T,comment.char = "",check.names=F)

dim(fpkm)

names(fpkm)
datExpr0 = as.data.frame(t(fpkm[,-1]))
names(datExpr0) = fpkm$ID;

rownames(datExpr0) = names(fpkm[,-1])

所以是要改最后一行吗？应该怎么改呢？