15 老师;我这儿GFF3文件格式和教学视频不一样;蛋白序列上显示gene_id有三个;我不知道如何选取哪一个进行接下来的GFF3基因位置分析;GFF3文件上没有染色体位置信息,和教学视频的格式不同-gene出现在第3列;gene_id出现在第9列我该如何选取有效的ID呢?如何修改Perl脚本?如何能成功提取基因位置信息呢?望老师指点!谢谢呢

  1. attachments-2019-03-rmjBt8eT5c81bd730863c.jpg
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  6. 老师;我这儿GFF3文件格式和教学视频不一样;蛋白序列上显示gene_id有三个;我不知道如何选取哪一个进行接下来的GFF3基因位置分析;GFF3文件上没有染色体位置信息,和教学视频的格式不同-gene出现在第3列;gene_id出现在第9列我该如何选取有效的ID呢?如何修改Perl脚本?如何能成功提取基因位置信息呢?望老师指点!谢谢呢
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最佳答案 2019-03-08 20:13

  1. attachments-2019-03-XqfbhrQG5c81c5adab8e5.jpg
  2. attachments-2019-03-PQ2jTM7j5c81c5c059d27.jpg老师这个GFF3文件的Id和之前用Perl提取出来的ID对不上呢?
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其它 2 个回答

安生水
擅长:perl,基因家族,linux,chip-seq

你这gff文件是从NCBI下载的么,最好去别的网站下载

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

1.fasta文件,第一个空格前面才是序列ID,后面的都是序列的注释信息,我们的脚本会忽略注释信息,只读ID

2.GFF文件,gff文件,我们的脚本只会读ID=  后面的ID信息;其他的信息会忽略,你贴的脚本很多,不知道你的问题是哪一个?

3.运行位置脚本的时候,ID要对应才能得到正确的结果,所以要观察自己的文件是否ID匹配;看你的这个脚本里面添加了gene:,你需要修改一下这里,视频里面应该也提示过:

attachments-2019-03-GFWDOrqt5c81c28267617.jpg

建议学习一下perl语言,perl入门到精通perl语言高级


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  • 酒七 提出于 2019-03-08 08:50

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