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50 GEO转录组数据合并

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5 请问一下，这样的RNA降解图是好还是坏呢，好像不同的RNA降解图差别都挺大，请问判断这个图的标准是什么呢

  • 2022-05-15 15:33
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R包下载问题

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Warning message: package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to re-install: 'Biobase'

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GEO2R三组之间怎么比较呢?

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GEO下载到的数据，只有 fpkm，可以用limma包进行差异分析么，试了一下连续两个数据集的所有FDR都是1，用t检验也是一样，不知道哪里出问题了

  • 。 2021-12-18 20:10
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安捷伦Agilent双通道芯片

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代码报错

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代码报错

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两组数据每组2个样品，对比差异基因，应该用什么方法？

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GEO差异基因分析分组问题

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过度均一化？

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请问一下，FPKM的数据不需要作背景处理、四分位数校正了吗？

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P值与矫正后P值

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GPL7280的数据，可以读取进来，处理的过程中总是报错，请问这个cdf怎么样能解决？

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老师您好，我这个是双通道芯片，我把read.maimages的所有source都试了一遍，还是不能把原始文件读进来

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老师您好，我在做WGCNA分析时，得到的CytoscapeInput-edges文件都是空的，请问该如何解决？谢谢老师。

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老师您好，我在下载GSE119767数据的时候，打开GPL，里面没有注释文件，该如何解决？谢谢老师。

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老师您好！lumi包读取文件出错。Error in gregexpr("\t", dataLine1)[[1]] : 下标出界

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老师您好，请问不同GSE号的数据可以联合起来做WGCNA分析吗？该如何将不同的Gene_expressionMatrix文件都加载进去？谢谢老师。