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为什么vcf文件根据不同参数过滤后保留163138个位点但最终LM和LMM进行关联时却只有102296个snp位点？

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老师我已经用gemma找到了显著位点，现在想将两位点之间连锁不平衡程度r方大于0.35，且标记之间距离在300KB以内整合成一个qtl，应该用什么命令啊？

  • WHR 2024-08-15 12:30
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感兴趣的区域LD热图不包括indel位点？

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单倍型分析报错

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使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

  • mike 2024-03-18 16:27
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https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

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https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下载全基因组测序文件，进行GWAS分析，下载哪几个啊

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填充的时候出现位点错误

  • 231 2023-12-15 21:51
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添加性别和年纪为GWAS影响因素

  • 231 2023-12-11 19:47
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gemma分析时，有的样本表型数据缺失怎么办？

  • 2023-12-06 19:39
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可以利用重测序的结果做表型预测模型吗?(模型构建数据仅基于重测序结果做)

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Tassel做GWAS分析时混合线性模型报错，文件格式如下，内存足够，但是还是报错。

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请问GCTA运行报错，打不开软件怎么回事呢？

  • LU 2023-09-21 19:23
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先进行基因型填充还是先SNP过滤

  • 231 2023-09-11 11:13
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admixture绘制群体结构图

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报错出现“Non-unique name 'IRIS_313-7' in the alignment”

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怎么将tped格式里面的chrA01 chrA02 chrA03...转换成数字1 2 3....

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LDdecay

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tassel 计算PCA

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tassel