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老师您好，做完蛋白序列多序列比对后，分析基因家族的保守位点，怎么判断那段保守位点指的哪个氨基酸活性位点呢，然后画出像文献中这样的图

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老师，我在用GSDS绘制顺势原件作用图的时候，只显示一部分基因的顺式作用元件，另一部分只有CDS。我试过单独贴每一个基因，是可以的。这种情况该怎么办？（ID检查过了，也更换浏览器，都不行）

1 解决

做基因家族分析时筛选出的基因氨基酸数量少

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老师，基因组网站没有泛基因列表，自己怎么整理出来这个列表文件呢

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10 使用NCBI下载的基因组和gff文件进行基因家族分析时，保留编码蛋白基因的命令似乎无法识别NCBI的gff文件（描述中为日志，图片为尝试获取的gff文件）

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我使用hmmsearch时弄出来的文件是空文件夹这是为什么嘛？ 我下载的是hmmer3.0 windonws版

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5 蛋白三级结构分析时，用PSI-blast和SWISS-MODEL自带的模板同时做了，发现SWISS-MODEL自带的模板做出来的相似度更高、GMQE和QMEAN值也更好，同时，两个方法也有重复的模板，想问问老师应该选择相似度更高的，还是选择两种方法都有的模板？

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只提取出来一个是为什么呀？是不是不对呀？

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老师，绘制PAV图时，结果如图，还有报错信息

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在共线性分析中发现结果太少

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老师你好 我在进行保留最长转录本的时候报错

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KAKS作图问题

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老师，您好，我做基因家族分析时绘制表达模式热图，因为我的GFF3文件是从ensemble上下载的，发现从NCBI上下载的转录组数据的基因ID与我的基因ID不一致，这时该怎么判断那个是同一个基因呢？

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老师能把你整个过程执行过的代码发一下吗，一直对着视频找有差别的地方，纠错很麻烦

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镜像安装，镜像安装

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蛋白3D结构预测时出现非法字符

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结构变异注释结果文件为空

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误删文件导致docker启动不了了

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基因家族分析-基因家族成员鉴定

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老师，下面是报错、染色体信息、gff文件中的染色体和命令行