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20 老师，请问做基因上游顺式元件分析时，只有cds文件，gff文件和pep文件，该如何提取promoter序列

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10 老师，请问只有gff文件，cds文件和pep文件，该如何做基因上游顺式元件分析

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10 老师你好，最近我在使用tbtool的blast时发生报错

  • LGC 2020-04-15 03:10
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10 请问老师有没有get_gene_position.pl，get_gene_bed.pl，get_fa_by_id_from_bed.pl这个三个脚本的下载地址？

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10 老师您好，我想请问一下我用GSDS做顺式作用元件图时，提交结果只显示CDS的长度，并没有顺式作用元件，查看了基因ID也是对应的，且提交的时候并没有提示文件格式有误。请问这个情况如何解决

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10 老师您好，请问plantcare软件预测出来的顺式作用元件进行筛选绘图的时候需要区分正负链么，是只选择其一呢，还是都选？

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5 关于blast搜索鉴定之后如何提取对应的domain

  • Iron 2020-04-09 16:23
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5 两个不同的基因家族可以分析蛋白互作吗？做些什么分析能把两个基因家族联系起来呢？

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10 ks计算物种共同祖先WGD事件的问题

  • 2020-04-05 19:26
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10 mcscanx计算kaks问题

  • 2020-04-05 19:16
2 解决

20 某物种没有基因组，做了转录组（RNA-seq）,蛋白组（ITRAQ），要研究该物种某个基因家族，怎么做？

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10 老师，请问一下我在学习基因家族分析课程时，执行perl get_gene_weizhi.pl时，用拟南芥的基因id可以找到它的基因位置，但是用水稻id和gff文件找不到他的位置，这是什么原因

1 解决

10 circo图中基因名称的标签显示不全（可以修改的参数都修改了，总共106个基因，只显示了99个，请问是哪里出了错了？）

  • WKJ 2020-03-26 18:56
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50 请问老师，为什么circos绘图基因名称的标签在图中不显示呢？？

  • 2020-03-26 16:31
1 解决

10 请问linux系统怎么安装hmmer，为什么安装一直报错

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10 基因ID、cds ID与蛋白ID三者均不一致

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5 基因家族分析绘制基因在染色体上的位置gene_chr.txt是空文件

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10 求助大佬，circos图chr.info文件怎么整理？

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5 老师您好，我在用MEGA构建完系统进化树后，树的下方有一大片空白，选中某一分支的绿色选中框也偏下，不在分支本身，卸载了又重装，重新分析建树依旧是这种情况，想请教一下老师有没有遇到过这种情况，谢谢！

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20 想通过文献来确定拟南芥UFGT基因家族有多少个成员，但是苦于一直没结果，老师能帮忙推荐一下有什么文献吗