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5 比较基因组学分析共线性中 No module named jcvi.compara

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老师，我在预测启动子顺式作用元件时，出现out of memory,是怎么回事，下面是我报错的截图

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老师，我在ciros作图时，最后结果不出现基因的名称，应该怎么解决呢？

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5 请问老师gtf这几个文件有什么区别？应该下载.chr.gtf.gz 还是.gtf.gz?

  • 2019-04-25 18:56
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5 水稻中进行MCScanX共线性分析基因家族加倍时，提取不了基因对应的蛋白质序列

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5 基因家族成员的筛选

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5 基因家族中的真假基因

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5 苹果系统如何将拟南芥基因组的数据共享到ubantu系统上

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获得基因的在染色体上的外显子，CDS，UTR位置信息，用于绘制基因结构图时，提取的文件是空文件？是怎么回事。

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运行利用meme软件做motif分析的代码后，提示zsh: segmentation fault

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MCSCANX结果里图片上有两条红线，但是collinear.pairs文件中是空白，请问下是怎么一回事？有无共线性关系

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5 分析拟南芥NBS的motif大概需要多久

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在用mcscanx做基因家族分析最后绘制图片时提示reading gff error，请问下老师要怎么解决

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利用domain构建进化树，出现以下提示，请问是什么意思？如何解决？

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我的基因家族有些基因是反向的，在做MCScanX和circos时需要把顺序调换过来吗？如果需要，是直接将两个数字调换位置就行吗？

2 解决

MCScanX中提取基因组注释文件时出错，我的物种的gff文件没有gene这一列 只有CDS和mRNA,请问下可以提取CDS或者mRNA序列吗？

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Ka/Ks结果分析问题

1 解决

基因家族提取用hmmsearch --domtblout result.txt --cut_tc zf-C2H2.hmm Fvesca_226_v1.1.protein.fa 时提示 Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing

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用 domain_xulie.pl 提取 domain.fa 时文件为空，请老师指点一下

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基因家族hmmsearch时提示Failed to open tabular per-dom output file result.txt for writing