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TCGAbiolinks包

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30 TCGA中比如说我要下病例报告，slide，还有msi怎么下载?

  • 2020-03-03 09:41
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TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

  • momo 2020-03-03 00:04
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请问老师TCGA不同的癌症可以一起分析吗？

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关于entrezid问题

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100 你好！我参照《医学癌症TCGA-甲基化生存分析》中的方法做甲基化生存分析模型独立性验证时，将患者年龄分为3组分别进行验证，运行代码如图，但是运行后总是报错显示“找不到对象……”请问该如何解决？非常感谢！

2 解决

100 甲基化探针cg号转换为基因名

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你好！我在Rstudio中做cox分析时由于数据量巨大，有37万之多，目前代码已经运行了一天还在运算，请问这么长时间正常吗？谢谢了

  • 2020-02-16 18:38
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Error in seq.default(grps[start] + 1, grps[start + 1] - 1) : 'from' must be of length 1此外: Warning messages: 1: In file(con, "r") : InternetOpenUrl失败:’不能连接到吊销服务器，或者未能获得最终响应。' 2: In readLines(...) : 读'http://bioconductor.org/config.yaml'时最后一行未遂

1 解决

3 TCGAbiolinks使用求助 Downloading genome information (try:0) Using: Human genes (GRCh38.p13) Error: $ operator is invalid for atomic vectors

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5 处理临床数据时，只有xlsx工作表，没有xlm文件。应该怎么用r处理数据？

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TCGA基因表达怎样和临床信息结合做生存分析

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老师您好，临床数据下载后，整合时发现下载文件是xlsx文件不是课程中讲的xlm文件，一直整合失败，找不到文件。这块应该怎么修改这句代码？

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NA报错

  • euwa 2019-12-31 13:10
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rawdate表格已经截图，求再帮忙看下

  • euwa 2019-12-30 18:06
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报错NA counts not allowed

  • euwa 2019-12-30 17:46
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运行出错，edgeR做差异分析，报错NA counts not allowed

  • euwa 2019-12-30 17:40
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TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时报错

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wrong orderBy parameter; set to default `orderBy = "x"`

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各位老师好，我在用R做生存分析时，读取了下载好的临床数据后（TCGA的)，提取病人编号，死亡时间等信息时报错“Can't find columns”，我对R的掌握实在过于疏浅，想请教老师们是否曾遇见过类似问题，如何解决呢？以下是问题截图

  • 2019-12-18 13:34