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3 关于WGCNA模块hub基因筛选的问题

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老师您好，请问一下在做WGCNA的时候，形状数据文件具体是哪种的呢，因为课程里的是直接给出来的形状文件做分析，看着有点摸不着头脑，想请问一下这个形状文件是怎么来的吗？我还不太理解这个文件

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请问一下做WGCNA时，出现这种问题如何解决呢？用的是课程的数据

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wgcna 模块分析完，在 负相关模块中选择的关键基因，在肿瘤组织中表达反而更高？我该如何理解？谢谢~

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5 WGCNA运行代码问题sft

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老师，您好！最近我学了WGCNA的课程，跟着代码跑了一遍。我比较疑惑的是我们怎呢木材可以让所有模块出现在一张图立案，而不是出来很多颜色的模块文件，这样子我们一个处理下的数据出来的图是分开的

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甲基化数据做WGCNA，beta值过低怎么办

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5 WGCNA分析中cluster dendrogram图上的module colors只能显示一种颜色，但在代码中table(moduleColors)显示已分19个模块19种颜色，想问下是哪里出现问题了，谢谢！

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5 wgcna得到模块后如何根据目的基因有关的tom值排序筛选候选基因呢

  • 2019-08-07 05:01
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5 WGCNA分析中，灰色模块基因数若过多是说明划分模块有问题么？

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WGCNA 模块特征热图意义

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补充细节： 运行WGCNA代码后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

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运行WGCNA代码后，12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

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5 WGCNA分析中，模块保守型分析需要两类样本的基因数目一致么

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WGCNA 离群样本

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WGCNA问题

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WGCNA中运行给的filter代码后显示没有变量 如何解决

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5 有关WGCNA去除离群样本

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5 GEO基因差异分析中，数据提取后，进行组间筛选差异基因时，进行上调下调后，为什么没有上调下调基因，都是normal呢？

  • Blue 2019-05-30 20:53
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5 请问各位老师，WGCNA分析中没有性状数据，但分析了两份基因表达数据，我想要得到Module-module relationships的图，应该怎样修改这部分打的代码呢？