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IBD 计算2

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5 gatk变异检测

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老师，在泛基因集构建时JCVI的比对，出现以下错误

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老师，请问我如何操作这4个exl才能得到完整的像课程中的一个VCF？直接复制粘贴exl到一个txt？

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染色体挂载使用的是大讲堂的镜像，bwa出现报错

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IBD 计算2

2 解决

5 老师，我运行这条命令报错了，请问哪里出问题了 ，感谢老师

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ka/ks分析，拆分泛基因列表，缺少一个基因，泛基因列表有38个，而拆分出的文件只有37个

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老师你好，我想问一下，我做基因家族分析，明明之前建了02.hmmsearch这个文件夹，并且做出来的东西也都放在里面，但是我在终端ll一下，显示total0，然后我新建进化树的文件展示已存在但我在文件夹里并没有找到

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gatk GenomicsDBImport

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docker search 出现错误是怎么回事

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想问一下泛基因集的构建，如果有相关参考文献有泛基因组的构建是不是我就不用学习这部分内容了；想问一下什么情况下才需要构建泛基因集？构建泛基因集的目的是什么？

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老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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基因结构注释效果不理想

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我执行了#将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./这条操作；在data中rm -f一条一条删除了里面的内容之后，将我的数据上传，执行这条操作之后，软连接的仍然是玉米的数据，而不是我上传在data里的数据

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如何下载别人的重测序数据

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第一张图片为smart，没有查询到结构域。第二张图片为interpro，共有135条序列，最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果，为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准，118个ID

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请问单倍型分析时遇到这个报错应该怎么解决

  • 2025-01-15 13:57
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请问您是如何找出是哪号样品的哪个染色体的相关文件有错误的呢