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老师，保留最长转录本之后，提取cds和pep，过程出现这个界面，请问哪里有问题吗？

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命令无法运行

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想问一下视频课程里的data内容换成自己的数据就行了嘛？

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新安装docker desktop为什么显示docker engine stopped

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xpclr报错AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys'

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5 老师，请帮忙看下这条命里哪里出问题了，十分感谢

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运行hmmsearch返回结果为空，后来再试时报错

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IBD 计算2

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组装后的cds.fa文件进行Kegg注释

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RNA-SEQ有参转录组的课程，可以来分析全转录组数据吗

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你好，我也遇到了一样的问题：docker里omicsclass的镜像都搜索不到了，然后下载omicsclass/gene-family:v1.0.1也报错，联系客服也没有回应，可以请教一下你是怎么解决的吗

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老师，我看课程里有这一步，但没讲解后面的C是干什么的，也看不太清C前面上角那个符号是打的啥怎么打上去的

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10 cellchat的netVisual_bubble

  • 2025-03-08 01:40
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老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

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想问一下，为什么我用pfam筛选，结果出来是这样的，没有能看结果的地方，也没有能下载的地方

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老师，我正在执行泛基因及构建的12-30行的指令；视频中data数据中为gff的后缀，我的数据是gff3的，把他后缀改成gff重新上传一遍在执行这条指令吗？

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老师，请问泛基因家族成员鉴定中，hmmer结构域搜索；；我有两个结构域，而hmmersearch一次只能筛选一个结构域；请问如何筛选同时含有两个结构域的呢；请问这两条指令如何修改？

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老师，结构变异的基因注释；建立注释库后，运行结果出错，如下图；提取结构变异信息时，我提取了一个样本的tsv的染色体，起始，终止，0，0；运行#注释的代码，生成的外显子文件为0；请问应该如何操作？PsbM是参考基因组，PsbF为一个样本

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老师，保留最长转录本中，过程文件出现了take into account

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hmmsearch --domtblout ./${ind}.WRKY_hmmerOut.txt --cut_tc ./WRKY.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta;;我有两个结构域，需要如何更改呢？