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进不去docker，镜像，虚拟机。

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提取VCF 文件里的SNP

2 解决

10 参考咱们的T2T组装课程 进行基因组组装后，染色体出现了一个超级染色体，各染色体大小分布非常不均匀

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老师，结构变异与基因表达分析中，运行这条指令（删除一些不需要的基因表达量，得到的结果为0），下面为一些过程文件的前几行内容，请老师看一下什么原因

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IBD 计算2

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10 老师你好，玉米杂交种进行关联分析代码应该怎么编写，单个性状与基因型数据的。在原有的自交系q，k，qk模型上自改的运行不成功

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IBD 计算2

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3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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请问可以同时运行2个terminal吗，在内存和存储还有cpu都有剩余很多的情况下

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老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们

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重测序分析

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请问这2个sam文件对后续有什么帮助吗 占用内存太大 想删掉 不知道有没有用

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老师，我在构建泛基因列表时，做cat pangene_filter.*lifted.anchors | grep -v "^#" | awk '{print $1"\t"$2}'> ../03.jcvi-pan-vs-genome/syn.txt这一步，找不到pangene_filter.*lifted.anchors 是怎么回事

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我在win11本地GWAS分析时，进行plink。结果报错了（Segmentation fault （Core dumped）），请问各位如何解决

  • John 2025-03-12 15:36
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老师您好，针对这个问题https://www.omicsclass.com/question/7725。你们提到：你这个数据里面是不是P值有0的情况，取了对数就无穷大了，导致出问题。但是，我发现里面没有P值为0的情况，那是不是脚本gwas_manhattan_plot.r有问题呢？需要修改gwas_manhattan_plot.r脚本的什么地方才可以解决顶部只能画半圆的问题呢？还有，我发现P-Value的原始文件有NaN的情况，是什么原因呢？是否对GWAS有影响呢？

  • John 2025-03-18 15:15
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GWAS分析的问题

  • John 2025-03-10 15:36
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itol里面的控制面板control panel 找不到了

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GWAS分析发现的问题如下：第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有176份），我选择的minGQ值为20（同时要移除InDel），结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000，但是我查过一些资料，GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况如何处理，可否将最小GQ按照课程的脚本设置为0呢。 第二，你们的GWAS课程提供的计算BLUP的脚本是否在不同物种之间通用 第三，做GWAS时，基因型填充对后续的分析有什么意义。 第四，你们GWAS课程有没有计算遗传力相关的脚本。

  • John 2025-03-12 15:37
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RNAseq有参转录组分析差异表达分析这一环节出现一些问题，ggplot版本问题

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拟时序分析分化方向和实际不相符合