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老师，您好， 我想问一下选择清除分析fst和pi结合的图的曲线为什么变细了？ 我用红色框线圈起来了

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老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别截图了基因型文件，表型文件和报错信息，请老师解答。文件是用的tsv格式，只是用excel打开了，命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

  • zjc 2025-04-09 10:53
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保留蛋白质编码基因找不到gff文件，但是我是指定了路径的，而且ll也能找到这个文件，这个文件ee查看也看不出来问题

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重测率，比对率

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老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列表，以及独有家族基因，下一步要做统计家族成员数量、排序及存在缺失分析，请老师帮忙看看，由于我的基因组名称中C01-C09，L01-L09,Q01-109还有另xiaomi等基因组名称与基因id命名对不上，该怎么修改，以上我没有自己修改内部任何内容

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GATK硬标记过滤速度慢

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可以给我分享一下您的基因家族镜像吗

  • 2025-04-07 11:02
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老师你好，我在进行到基因结构分析structure这一步时，出现错误 望解答

  • 2025-04-07 10:10
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代谢组进行差异代谢物筛选时，必须对t检验的p值进行fdr矫正吗？我看到大多数论文里都是p值哎

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老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

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老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族成员数量，及根据数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法识别出成员数量，（也就是因为这一步，我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了），请问怎么修改指令？

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老师你好，我在进行到基因结构分析structure这一步时，出现错误 望解答，感谢！

  • 2025-04-03 18:04
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braker.pl运行中断

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GWAS分析的教程中06.impute的beagle填充出现问题

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老师你好，我用全长序列进行比对构建进化树时，发现许多序列的长度长短不一，这样可以用吗？ 感谢老师答疑

  • 2025-04-03 10:41
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老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

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老师您好，我测定的是土壤微生物的宏基因组，在进行物种注释时选择的kraken的标准库，但注释出来可比对的物种注释率较低，好几个样本都低于30%，这样合理吗？如果不合理，我该如何解决呢？

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宏基因组得到的物种相对丰度表进行kw差异分析或者Lefse分析时，对数据提前进行对数处理合理吗

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老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需要准备泛基因组列表，前面通过学习咱们得泛基因集构建课程，生成了 final.last.gene.pair.txt 文件，整理格式之后不正确

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你好，提取CDS序列时，出现错误，怎么解决

  • 2025-04-01 14:33