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10 TCGA用R数据下载错误

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5 老师，您有没有mcscanx的压缩包文件啊，我网站打不开

  • 2021-11-04 23:40
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5 老师，我安装mcscanx软件时打开所给网址显示有错误怎么下载啊？

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10 转录组与转录组之间所有序列进行两两比对

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3 老师，想请教一下TCGA基因表达数据的问题，我从xena.ucsc网页上下载了基因表达数据TCGA-CESC.htseq_counts.tsv；然后发现该数据中只有Ensembl格式的基因ID ，没有SYMBOL格式的。所以接下来进行基因ID格式转换，却发现同一个SYMBOL ID对应的多个Ensembl格式的ID，想问下老师，这种情况该怎么处理？同一个SYMBOL ID所对应的多个Ensembl格式ID的基因表达数据应该留下哪一个？

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5 老师，我做基因上游顺势作用元件分析时出现这种情况是什么意思啊？

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3 老师，请教您一个生存分析的问题，为什么phenotype的删失数据天数一列中会出现alive time=0的情况,是病人还没开始实验观察就去世了吗？

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3 生存分析：老师,我看到了这个生存分析的代码在利用索引定义一个新的向量时先定义了一个,想请教一下您他为什么刚开始要定义一个纯0向量呢,先谢谢您啦

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5 筛选差异分析基因的时候上调下调基因数量差别太大正常吗？

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10 TCGA的RNA-seq count annotation过滤，有些不知道是否需要删除

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10 在01.phylo_tree ，文件格式转换这步，用您的docke或自安装 tassel-5 ，给vcf（23G)文件排序，排成tassel认可的序列，错误如下：Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.batto increase heap size. Included with tassel standalone zip.

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3 生信小技能-引物设计课程脚本里SSR引物设计中为啥我把全基因组fa文件放进去会报错

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10 LD连锁不平衡计算关于碱基序列之间的关系

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20 我使用OrthoMCL处理blast产生的结orthomclBlastParser blastresult compliantFasta > similarSequences.txt，出现了问题，不知道怎么解决

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3 代码报错

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5 从ENA数据库下载fastq格式，可以点击这个进行下载吗？

  • TIES 2021-09-24 17:37
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10 请问已知4dtv值，如何计算具体的分歧时间呢？

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5 老师，你好，我在学视频做两个物种间的共线性分析时结果出现的是这种。帮忙看看什么原因，谢谢。

  • 2021-09-23 21:20
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10 老师您好，我购买了扩增子的课程，在做分析时遇到如下问题：我是混样后侧的序列，结果只有一个fasta格式的序列结果。但是跑课程中的代码是把每个fasta文件加序列号改成符合qiime的格式再合并。而我一开始就是合并在一起的文件，想问有什么办法把合在一起的文件拆分成多个fasta文件吗？或是直接在合并好的文件里直接加序列号从而符合qiime格式吗？谢谢

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5 老师好，我可以用windows桌面版的docker在powershell上利用ssh命令链接到服务器进行重测序数据分析嘛，之前直接用笔记本不连服务器感觉电脑要炸了烫的，在服务器安装docker几次都失败了，买了安装课程可是只有windows的安装教程，还是没搞定