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5 《微生物宏基因组分析实操》课程，配制分析环境（doc.sh）遇到Bug

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

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5 Path 'manifest.txt' does not exist.是合并后的数据，export share_nas1=/work/data manifest=$workdir/manifest.ckd.txt 这样设置有问题吗？

  • 2024-02-25 09:55
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3 完全按照课程来的，这个wsl版本是不有问题啊？

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10 plink报错

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3 用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

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5 老师，我有30个经过高氮、低氮处理的转录组数据，但是不清楚我的性状定义是否正确？能指导下吗？谢谢！ 图片压缩后总提示太大，不知道是否成功上传

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10 关于TajimaD的筛选问题

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5 请问我们测序结果已经经过了质控，所以只用fast那个压缩包里的数据进行分析就行了？那个fast的试验表格怎么做有具体的方法吗？

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3 Beta多样性分析PCOA/NMDS分析无差异，Adonis检验P值小于0.05，怎么看结果？

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10 提取CDS序列失败！！!

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5 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

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10 老师您好，请问我mac电脑如何启动镜像

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5 PowerShell 为什么在输入的字母都只能在后边，中间想键入都键入不了？

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10 我现在有公共数据库其中500＋种子，自己测了这种品种的一些表型，要做GWAS分析的话，请问老师，是通过下载fastq文件，自己组装拼接，然后比对到参考基因组上，然后获得这500个品种的VCF文件，然后进行GWAS分析吗？

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10 保留蛋白编码基因一直错误!!!

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3 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

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5 进行基因注释过程中运行这个脚本perl $scriptsdir/pasa_extract_best_candidate_geneModels.pl $DATABASE.assemblies.fasta.transdecoder.genome.gff3 $DATABASE.assemblies.fasta.transdecoder.cds 3 900 0.60 0.95 0.95 > best_candidates.gff3出现错误。希望老师解答，谢谢

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3 怎么把GB文件转为GFF3文件

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5 老师您好，我做顺式元件分析结果做出来的图无论是TBtools还是课程中的GSDS绘图最后出来的结构都是太长了，这个结果正常吗？我看别人文献的结果就一个点，这是为什么呢？