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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

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在进行GWAS的LDBlock可视化中，在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt -PointSize 0.8命令时，程序居然报错UnKnow argument -PointSize，请问这是怎么回事呢，如何解决呢？请组学大讲堂的老师麻烦回答一下！谢谢！

  • John 2025-03-12 16:57
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GWAS分析发现的问题如下：第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有176份），我选择的minGQ值为20（同时要移除InDel），结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000，但是我查过一些资料，GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况如何处理，可否将最小GQ按照课程的脚本设置为0呢。 第二，你们的GWAS课程提供的计算BLUP的脚本是否在不同物种之间通用 第三，做GWAS时，基因型填充对后续的分析有什么意义。 第四，你们GWAS课程有没有计算遗传力相关的脚本。

  • John 2025-03-12 15:37
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我在win11本地GWAS分析时，进行plink。结果报错了（Segmentation fault （Core dumped）），请问各位如何解决

  • John 2025-03-12 15:36
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采用你们课程的：Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以及Rscript $scriptdir/qq_plot.r制作Manhattan图和QQ图后，Manhattan图最高的SNP仅仅显示半圆（如下图），请问如何修复（就是修改可视化Manhattan图的纵坐标）

  • John 2025-03-12 15:35
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GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么，可否像之前录像讲的那样不用这个语句吗？

  • John 2025-03-12 15:34
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在筛选GWAS关联区域内的基因时（LDBlock），基因或者SNP与选定的显著关联区域有百分之多少的交集可以定义为关联区域内的基因或者SNP？视频中说是10%，视频说的10%请问通用吗？这个10%是如何计算的？

  • John 2025-03-12 15:32
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请问老师。镜像启动是哪里出错了

  • 2025-03-11 21:25
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GWAS分析筛选关联区域

  • John 2025-03-11 18:46
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3 GWAS分析后选择关联区域（基因）

  • John 2025-03-11 17:01
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GWAS分析的问题

  • John 2025-03-10 15:36
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5 请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程泛基因集构建得到的列表不一样呢？

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WGCNA参考资料

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动植物泛基因组分析实操课程资料问题

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03.PAV 提取物种独有的家族基因时，出现killed ，不能进行代码操作

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100 微生物16s实操教程

  • 2024-09-15 13:58
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20 微生物16s分析

  • 2024-09-15 13:51
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购买的《群体遗传进化》新更新的课程怎么观看

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10 动植物泛基因组分析：03.gene_family_pav 分析自己的数据时，运行命令Rscript $scriptsdir/core_pan_gene_curve.r -i Orthogroups_PAV.tsv --prefix core_pan_curve 出现以下报错信息

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10 LTR注释结果

  • 2024-04-01 20:36