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水稻LD的衰减距离如何计算？

  • kid 2024-03-12 17:18
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LDdecay衰减距离如何确定？

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单倍型分析中最后一步失败，麻烦老师

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如何计算LD衰减到一半时的衰减距离？

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群体分析下载的文件里面没有dadi分析的代码和脚本

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进化树构建

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请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

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PSMC出图报错

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下载不了镜像（omicsclass/pop-evol-gwas:latest）

  • per 2024-07-17 11:53
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老师好，我在做群里遗传进化算pca时，得到的文件都是0。但是没有报错

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plink怎么设置样本的PPID，MID，Sex信息？

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5 stairway-plot里的mu（每代每位点的突变率）参数怎么确定？mu: assumed mutation rate per site per generation.

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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错

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PSMC分析

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在singularity中复现遗传进化中数据过滤时出现以下信息导致clean.vcf.gz大小不符合demo

  • WHR 2024-03-04 16:56
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群体遗传分析过程中无法构建进化树

  • per 2024-07-22 08:55
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课程的IBD分析可以分析个体之间的IBD吗？计算得到的是IBD距离还是系数？想要通过IBD计算亲缘关系系数该如何操作？

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5 stairway-plot里的L参数怎么确定？

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老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的，但生成的supergene里面有好多命名重复，这是怎么回事？由于这个重复就导致我没法做进化树

  • per 2024-06-04 16:19
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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错