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10 关于TajimaD的筛选问题

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GWAS课程中LD分析使用示例数据一直做不出来，检查很久都没有解决问题，麻烦老师进行解答。

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PopLDdecay计算LD，计算后画出的曲线没那么平滑，波动较大，应该怎么处理？如何确定该群体的衰减距离？谢谢

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PSMC 作图问题

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关于TajimaD计算问题

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做群体遗传分析，需要把indel提取出来嘛只用SNP的vcf文件？

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群体遗传PCA分析报错

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水稻LD的衰减距离如何计算？

  • kid 2024-03-12 17:18
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群体遗传进化中合并候选基因区间失败，文件是bed格式，麻烦老师解答

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群体分析下载的文件里面没有dadi分析的代码和脚本

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请问老师如何看选择清除分析中的选择信号值？怎么判断受选择基因的选择强弱？从基因列表中只能获得基因的位置等信息。

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SNP过滤de问题

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单倍型分析中最后一步失败，麻烦老师

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LDdecay衰减距离如何确定？

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PSMC出图报错

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5 stairway-plot里的mu（每代每位点的突变率）参数怎么确定？mu: assumed mutation rate per site per generation.

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自己电脑的docker image镜像如何共享到服务器的docker中

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如何计算LD衰减到一半时的衰减距离？

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在singularity中复现遗传进化中数据过滤时出现以下信息导致clean.vcf.gz大小不符合demo

  • WHR 2024-03-04 16:56
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如何实现把InDel标记变为SNP格式？