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使用plink做pca分析时报错

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10 请问用Mega7的muscle比对的时候报错该怎么办？

  • Mer 2022-11-29 15:46
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自己LDdelay时，绘制不出图且ld.bin.gz和ld.stat.gz文件大小只有1kb，请问问题出在哪里？

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Use of uninitialized value $l in numeric lt (<) at vcfutils.pl line 566.

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10 您好！在用XP-CLR时遇到问题 AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'keys' 该如何解决呢？

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做用于GWAS的全体的LD decay

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老师，请问在fst和pi联合选择分析的时候，使用群体遗传进化分析课程里的代码fst_pi_select_sweep.r时，显示command not found，怎么解决这个问题呢？

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老师您好，我用mutmap的方法分析了f2群体，有三个峰，有个一个峰在99阈值之上，但是做基因分分型时 要么是突变体基因型要么是野生型基因型，而且区间前半段设计不出引物

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老师您好，群体遗传进化分析的课程中根据视频进行PCA分析和LD 可是plink一直无法运行，试过重启电脑也检查了文件名并且下载了V1.2的镜像都不行。其他不需要plink的都可正常运行是怎么回事呢？有什么办法解决吗？谢谢老师

  • 2022-09-25 23:33
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请问我想用GWAS的自然群体进行KAKS分析，请问有什么具体的操作流程吗？

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在做fst绘图输出，pi多样性绘图输出时，pi_manhattan_plot.r -i pi.Zhongyuan.windowed.pi -F $FAI -f 19226500 -n pi.Zhongyuan一直提示没有pi_manhattan_plot.r 这个命令？

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老师您好，我想用GWAS对候选基因进行进化选择分析，我想证明我的这个基因是受到人工驯化的。我用TajimaD分析发现我的目的基因位置的D值为5，属于受到瓶颈效应或者平衡选择，那么这个结果可以说明我的基因是受到驯化选择的吗？

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treemix中按照课程操作cat w.sh，提示没有这个文件

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vcf2hmp.pl 报错：ERROR: invalid genotype call at marker position

  • 2022-08-10 16:45
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10 使用plotQ绘制structuretu图的问题

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请问预测到motif后，有没有网站可以查找它的功能

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计算psmc.fq.gz文件错误，打开全是n，是不是我的bam文件错了

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利用人类基因组进行群体遗传PSMC分析求助

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老师，请问基因家族计算Ka/Ks是用提取鉴定好的重复基因序列比对计算，还是用该家族全部CDS序列比对后计算？两个物种之间共线性的基因也是相同方法吗？

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您好，我想请教一下为什么用evolview美化进化树时，总是出现 error: error: at least one valid colorset data should be given; data not upload/ updated 这个提示呢