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CombineGVCFs报错：htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount

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ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

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3 用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

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5 大佬们，构图软件lepmap、joinmap分群的时候怎么让分群数与染色体数一致？调LOD值也很难保持一致，求大佬们解答！！！

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使用GATK的GenomicsDBImport合并gvcf导入db时报错Unexpected compressed block length: 1 for /work/GATK/BN14.g.vcf.gz

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5 请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

  • 2024-04-14 13:38
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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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请问老师，使用annovar进行注释出现报错，如下：Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

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合并g,vcf

  • Jay 2024-03-11 19:42
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Fst染色体数量不对

  • 231 2024-01-16 22:21
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50 单倍型报错

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变异结果过滤，gatk VariantFiltration

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annovar注释疑惑

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请问在引物设计时出现了这样的问题怎么解决啊？

  • kid 2024-01-03 15:54
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注释完绘图出现报错信息

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基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

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VCF注释

  • Jay 2024-05-16 11:41
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合并g.vcf

  • Jay 2024-03-12 19:22
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vcftools --vcf GT_AGCT_Liujingyan.vcf --max-missing 0.5 --maf 0.05 --remove-indels -- min-alleles 2 --max-alleles 2 --minDP 2 --minQ 20 --recode -- stdout >SNP_filter_maf0.05_miss0.5.vcf在这基础上增加杂合率，激昂杂合率设为80%或者60%，如果是自交系或纯合体，杂合率设为10%-20%怎么改

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变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果时报错i