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50 单倍型报错

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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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5 请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

  • 2024-04-14 13:38
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变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果时报错i

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5 大佬们，构图软件lepmap、joinmap分群的时候怎么让分群数与染色体数一致？调LOD值也很难保持一致，求大佬们解答！！！

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基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

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VCF注释

  • Jay 2024-05-16 11:41
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重测序批量循环样本比对bwa

  • Song 2024-05-09 11:30
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如何确定选择分析中的窗口和步长？

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小麦GATK索引问题：对多个g.vcf.gz文件合并，遇到的问题？

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VCFtools计算fst, pi, ROD, tajimaD, xpclr计算xpclr，得到这些结果作图的时候，曼哈顿图有阈值线，怎么给平滑曲线加上阈值线？另外，平滑曲线的值是经过怎么转换？

  • 2024-07-14 12:04
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GATK 报错

  • Elf 2024-04-03 13:17
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成功得到了gvcf文件后，合并gvcf文件时，在导入db步骤中，由于gvcf文件超出了idx索引的处理范围，因此我使用CSI建立索引后，发现导入db的代码依旧无法运行，需要idx格式的索引，怎么办

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老师好，我在CALLSNP变异过滤时报错有几万行相同的错误。

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Error running system command: </biosoft/annovar/2018Apr16/table_annovar.pl /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput /work/my_reseq/ref -buildver unknown -outfile /work/my_reseq/5.var_ann/snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -otherinfo>

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10 在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令

  • 233 2024-07-03 14:57
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为什么docker中cocker search 搜不到omicsclass了

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bam文件排序时出错

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GWAS分析中，发现最显著的信号SNP的位置是在一个基因的同义突变。

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ANNOVAR注释问题