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3 用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

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使用GATK的GenomicsDBImport合并gvcf导入db时报错Unexpected compressed block length: 1 for /work/GATK/BN14.g.vcf.gz

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5 大佬们，构图软件lepmap、joinmap分群的时候怎么让分群数与染色体数一致？调LOD值也很难保持一致，求大佬们解答！！！

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5 请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

  • 2024-04-14 13:38
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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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50 单倍型报错

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合并g,vcf

  • Jay 2024-03-11 19:42
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变异结果过滤，gatk VariantFiltration

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基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

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VCF注释

  • Jay 2024-05-16 11:41
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变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果时报错i

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合并g.vcf

  • Jay 2024-03-12 19:22
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如何从重测序的原始数据中提取某个基因序列？

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GATK 报错

  • Elf 2024-04-03 13:17
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如何确定选择分析中的窗口和步长？

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我在call snp,使用GATK导入db,得到的结果中没有callset.json文件，我一共15条染色体，db文件夹里只有两个染色体的文件夹内容，麻烦老师解答

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VCFtools计算fst, pi, ROD, tajimaD, xpclr计算xpclr，得到这些结果作图的时候，曼哈顿图有阈值线，怎么给平滑曲线加上阈值线？另外，平滑曲线的值是经过怎么转换？

  • 2024-07-14 12:04
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老师好，我在CALLSNP变异过滤时报错有几万行相同的错误。

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群体遗传SNP获取

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。