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ANNOVAR注释问题

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重测序数据可以用来做基因家族的共线性分析

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请问重测序可以得到某物种的全基因组序列吗，能不能从重测序数据中找到某个基因的完整序列？

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单倍型结果的解读

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关于annover建库问题

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电脑上无法学习

  • per 2024-07-27 11:16
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用GATK call SNP时报错

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老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在fst pi tajimaD分析的过程中，发现生成的曼哈顿图没有数据，在第一步的过程中，我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值，但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据，这是怎么回事呢，请老师帮忙解决

  • per 2024-06-21 16:37
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求助，怎么把vcf文件中的非变异位点去掉呀？

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在重测序中对某一个基因在不同群体中的突变频率图怎么作，有脚本可提供不？

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请问老师SNP注释报错这个信息怎么办解决.

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老师好，请问一下为什么annovar注释完下图所示第1列与最后两列的突变信息不一致啊，网上很多教程我看也有这个问题似乎，所以比如第一行核苷酸到底是什么突变成什么了呢？谢谢！

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得到INDEL,在做注释的时候报错。

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老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时，因为样本过多（二三百个样本），运行成功的单个样本运行了24+个小时，尝试了采用ParaFly工具多任务并行，并且也尝试了同时运行多个nohup sh gatk.g.sh > gatk.g.sh.o&（一个gatk.g.sh对应一个样本），但是都是在十几分钟后终止进程了，查看了其中一个gatk.g.sh.o文件，文件内容如下，烦请老师帮忙提出问题及解决方法，非常感谢

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PSMC

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老师，问题比较复杂，麻烦您看一下详细的问题描述，小麦基因组

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单倍型分析报错

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老师们好，在生成gvcf文件合并vcf文件时，出现这种警告信息，请问是什么原因，如何处理啊？

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在对bam文件进行排序时，因为参考基因组太长，出现这两个报错，会影响后续分析嘛

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使用重测序的var_density.R脚本没有按照染色体正确排序，这个怎么解决？