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变异结果统计与绘图时,最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题,查看文件发现并没有缺失的部分,怎么解决
starry.
2024-08-31 22:54
1
解决
892
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老师,您好,请问如何展示出染色体上某个基因的,或者说某个位点附近的核苷酸多样性值,FST值或者tajimas值。
shidandan
2024-07-31 15:45
0
回答
889
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老师,请教一下,重测序时对bam文件排序出现问题,提示Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Invalid lookback distance found.怎么解决呀
Evening
2024-07-30 17:47
0
回答
883
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群体结构分析时,执行代码报错
群体结构分析
2024-08-29 21:35
1
回答
860
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老师您好,使用beagle 进行基因型填充的时候填充依据是什么啊,是后台有参考数据库吗?
beagle
乔治
2024-12-23 22:08
1
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845
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群体遗传构建进化树格式转换报错
群体遗传
Mr.Black
2024-12-30 16:12
1
回答
838
浏览
老师您好,我在参考基因组建立索引时,系统报错说有1700个基因区域没有ORF,但是我的参考基因组和注释文件都是从文献链接里下载的,不知是否会影响我的后续关于群体进化的分析呢?
参考基因组
建立索引
ANNOVAR
啊呀。
2024-09-20 16:25
2
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806
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cnvpytor 不运行
随风
2024-11-28 09:19
0
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798
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gvcf文件转vcf文件,创建索引时一直失败,请问
小天才熊宝
2024-10-08 17:17
2
回答
787
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SRA数据下载
sra
随风
2024-11-06 22:47
1
回答
765
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老师,在生成gbcf文件后,发现只运行了前三个染色体的,是我的代码有问题嘛?该怎么解决啊?参考基因组的fasta,fai文件都是好的,前期生成的bam文件也是好的,样品是四倍体,参考基因组是异源四倍体
gvcf
bam
啊呀。
2024-10-25 18:12
1
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763
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单倍型分析
shidandan
2024-11-24 14:31
1
回答
755
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老师,我有141个样品,现在IndexFeatureFile,tabix,bcftools都无法成功构建gvcf的索引,只有CSI格式能成功索引,这个格式在后续也用不了,这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛,还是说我只能重新生成vcf文件了
gvcf
啊呀。
2024-10-21 16:30
1
回答
755
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按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时,依旧出现报错现象,无法索引,怎么办
索引
gvcf
GATK
index
啊呀。
2024-10-19 14:48
2
回答
751
浏览
genome
基因组
随风
2024-11-29 10:58
1
回答
745
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老师,我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入,但是在将gvcf转换成vcf时,发现在Lc2Ns染色体就结束完成了,这是正常现象嘛,是我使用的近源种参考基因组的原因嘛?我的是简化基因组测序的
VCF
gvcf
db
啊呀。
2024-10-24 23:55
1
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743
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老师 就是我也买啦那个群体遗传的那个课程 我看啦一下 就是您课程上讲解的是下载参考基因组是拟南芥 我是做越峰杜鹃的 然后我重测序的也是 我的参考基因组是不是我自己组装出来越峰杜鹃的那个基因组啊 还是其他的呀 这里我没懂
烟雨易冷
2024-10-18 14:40
1
回答
740
浏览
重测序文件中的data data 文件打不开
重测序分析
随风
2024-11-25 14:08
0
回答
725
浏览
老师,麻烦您解答一下
gvcf转换vcf
啊呀。
2024-11-03 12:23
1
回答
716
浏览
老师,我按照多样本的代码生成gvcf文件后,发现并没有视频里讲解所说的tbi格式的索引文件,这是怎么回事呢,我需要怎么做啊
gvcf
啊呀。
2024-10-15 18:43
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