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5 gatk变异检测

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10 GATK报错Caused by: java.io.IOException: Input/Output error

  • YYJ 2024-12-30 20:45
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20 群体遗传构建进化树格式转换报错

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10 gvcf文件转vcf文件，创建索引时一直失败，请问

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10 请问老师我跟着重测序课程做到了VCF过滤这步,是不是三种方法任意使用一种方法过滤就好.

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5 大佬们，构图软件lepmap、joinmap分群的时候怎么让分群数与染色体数一致？调LOD值也很难保持一致，求大佬们解答！！！

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50 单倍型报错

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10 在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令

  • 233 2024-07-03 14:57
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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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5 请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

  • 2024-04-14 13:38
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100 SMC++进行种群历史分析时所用的VCF是否需要LD过滤

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

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3 用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

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3 进行bam文件排序时报错 killed

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10 基因组重测序，变异结果注释的时候出现了Error: invalid record found in annovar outputfile

  • 2023-10-18 14:48
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5 老师好，我在跟着课程实操时，运行gatk call snp时候，使用源代码也报错了，我用的镜像是课程里的v1.1的版本还请老师帮忙看看，谢谢了！

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15 老师好，我购买了咱们的群体研究，请问如何计算vcf文件中某段范围内的纯合基因型（GT）频率？

  • Iron 2023-07-15 17:46
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10 尊敬老师，根据重测序课程质控的时候，有的样本会killed，有的就不会，killed的输出结果文件也不是空的是什么问题呢？别的样本数据可以正常输出，这三个文件都特别大，双端测序总共能有20G，是不是数据太大，内存不够

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30 请问在重测序数据比对参考基因组时，参考基因组中除chr外还含有contig，是否需要对contig进行去除。之前在比对时将contig也一块比对了，对后续的变异检测有没有影响？

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10 老师您好，在分析IBD的时候出现Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing genotype separator (.)，这样的报错，VCF已经过滤，设置的是0.8，这是怎么回事