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重测序遗传变异过滤

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work.sh.o

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重测序分析

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老师，麻烦您解答一下

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请问老师SNP注释报错这个信息怎么办解决.

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10 gvcf文件转vcf文件，创建索引时一直失败，请问

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群体结构分析时，执行代码报错

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5 大佬们，构图软件lepmap、joinmap分群的时候怎么让分群数与染色体数一致？调LOD值也很难保持一致，求大佬们解答！！！

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老师，请教一下，重测序时对bam文件排序出现问题，提示Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Invalid lookback distance found.怎么解决呀

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得到INDEL,在做注释的时候报错。

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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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重测序cnv变异需要至少多少乘数据？

  • Iron 2024-03-13 21:47
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有40个样本的基因型（重测序结果）、表型数据。可以做什么分析？

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30 533个品种先根据盐浓度下发芽率，初步在盐胁迫下挑选120个具有不同发芽时间的品种（不发芽的品种忽略，会导致出现重复表型），然后进一步进行详细表型分析（增加测量性状，如根长、芽长、光谱性状），然后做GWAS关联。

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如果是基于已知的两个遗传位点，用GWAS分方法的目的是研究这两个位点随时间序列的跟踪，处于这样的目的40个品种够吗，出于这样的目的的话对品种数量有要求吗？

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mutmap

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获取选择区域的基因

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GATK过滤掉三分之一的位点正常吗

  • 231 2023-12-14 12:49
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用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

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请问如何计算总体的pi值？