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建立注释库

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10 基因组重测序，变异结果注释的时候出现了Error: invalid record found in annovar outputfile

  • 2023-10-18 14:48
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老师您好，请问一下GWAS筛选植物NPK高效因子前需要做什么准备工作

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老师，您好！我在用-SortGenotypeFilePlugin排序vcf文件时，得出来的文件比原始文件小很多。

  • QCJ 2023-08-08 16:56
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如何通过GWAS的曼哈顿图结果筛选基因？

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请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

  • 2023-05-31 11:03
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老师您好，我想用真菌线粒体基因组做群体遗传分析，已经组装好线粒体基因组，是需要把每个菌株自身的线粒体基因组当做ref还是用一个统一的线粒体基因组做ref?同时想请教也是按照重测序课程一个一个从线粒体基因组利用reads筛选snp么？

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samtools过滤多重比对的-F 256参数设置

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用Tassel转vcf为hapmap格式文件

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10 老师您好，在分析IBD的时候出现Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing genotype separator (.)，这样的报错，VCF已经过滤，设置的是0.8，这是怎么回事

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您好我的过期了，可否给延期一下

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将VCF文件转换为phy格式的时候报错，不知道序列里为什么会有数字0，应该怎样解决呢？

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使用vcftools过滤vcf文件缺失位点时报错

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老师好！我想问下在进行TreeMix分析中，想设置外缘群体（outgroup）,是不是直接在代码中加-root参数，然后添加外缘群体的样本名？

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老师好！我在运用课程代码进行Treemix分析后，会生成：cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件，现在我想知道：在混合事件的情况下，覆盖方差的比例和估计的混合比例，这个应该怎么进行计算统计呀？我不清楚这个解释比例是怎么计算的？谢谢老师！

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老师好！我在运用课程代码进行Treemix分析后，会生成：cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件，现在我想知道：在混合事件的情况下，覆盖方差的比例和估计的混合比例，这个应该怎么进行计算统计呀？谢谢大家！

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老师，您好，我想请问一下，就是XPCLR计算的时候（老版的），我看你的博文写的（https://www.omicsclass.com/article/1334)遗传距离(可简单的物理距离/100000000)，就是我写论文计算也可以直接用这样简单表示遗传距 吗，还是需要将snp根据遗传图谱呀？

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用tassel软件输入的表型数据是质量性状时输入格式是和数量性状一样吗？用0和1进行赋值

  • Luck 2022-11-23 10:52
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您好，用tassel做gwas的时候质量性状的输入格式和质量形状的输入格式是否一样呢？

  • Luck 2022-11-17 16:32
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如何下载国际千人基因组计划完整vcf文件