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使用vcftools过滤vcf文件缺失位点时报错

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老师好！我想问下在进行TreeMix分析中，想设置外缘群体（outgroup）,是不是直接在代码中加-root参数，然后添加外缘群体的样本名？

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老师您好！我想问下当我在计算群体间遗传分化指数（Fst）时,发现其中两个品种间的Fst值很大，但是群体结构分析中（PCA，NJ-Tree,最大似然树）中却发现这两个品种聚类较近，且在一个分支上。这应该怎么解释啊？谢谢老师！

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老师好！我在运用课程代码进行Treemix分析后，会生成：cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件，现在我想知道：在混合事件的情况下，覆盖方差的比例和估计的混合比例，这个应该怎么进行计算统计呀？我不清楚这个解释比例是怎么计算的？谢谢老师！

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老师好！我在运用课程代码进行Treemix分析后，会生成：cov.gz,modelcov.gz,treeout.gz等相关文件，现在我想知道：在混合事件的情况下，覆盖方差的比例和估计的混合比例，这个应该怎么进行计算统计呀？谢谢大家！

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请问选择消除分析需要过滤哈温平衡吗？

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您好，我是买了群体研究合辑的学员，然后我用您的代码跑BSA。我想问你们的默认两条阈值线设定的是多少？

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老师您好，我这边在知乎上看到贵公司发的题为"如何检测外源基因的插入位置”的文章，想请教一下您对这方面了解么？或者贵公司有其他老师了解么？谢谢啦！

  • Mary 2022-11-29 17:27
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老师，您好，我想请问一下，就是XPCLR计算的时候（老版的），我看你的博文写的（https://www.omicsclass.com/article/1334)遗传距离(可简单的物理距离/100000000)，就是我写论文计算也可以直接用这样简单表示遗传距 吗，还是需要将snp根据遗传图谱呀？

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用tassel软件输入的表型数据是质量性状时输入格式是和数量性状一样吗？用0和1进行赋值

  • Luck 2022-11-23 10:52
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您好，用tassel做gwas的时候质量性状的输入格式和质量形状的输入格式是否一样呢？

  • Luck 2022-11-17 16:32
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6 vcf文件中染色体名字更换

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LD为什么突然终止呢？自动就killed

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如何下载国际千人基因组计划完整vcf文件

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想问下用ADMIXTURE进行群体结构分析后，用课程提供代码可视化的时候，一直出现如下图的报错是怎么回事儿?输入文件的P,Q,nosex文件都检查了，没发现哪里的问题，之前其实也做过同样的分析，没有出现问题。这次只是数据量和个体数不同。应该怎么办？谢谢大家。

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想问下用ADMIXTURE进行群体结构分析后，用课程提供代码可视化的时候，一直出现如下图的报错是怎么回事儿？应该怎么办？谢谢大家。

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我想问下我在可视化的时候，部分窗口（点）展示不完全（只展示半个点）我应该怎么调整？点的大小调整过了 还是不行。需要用哪个参数进行调整呀？谢谢各位大佬！

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3 基因变异的VCF文件除了染色体部分外的其他变异数据如何过滤？

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kasp精细定位

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BSA结果，只有一个SNP