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在用tassel对vcf进行sort时报的错，有哪位大佬知道怎么操作吗

  • yao 2022-06-07 15:46
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老师，我在用GATK的VariantFiltration过滤SNP的时候，遇到了报错java.lang.IllegalArgumentException: Inconsistent number of provided filter names and expressions: names=[PASS, my_snp_filter] exps=[QD < 2.0 || MQ < 40.0 || FS > 60.0]

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请问一下，我买了那个重测序分析的课程，是否可以用于寻找叶绿体基因组间的多态性位点

  • 2022-05-13 15:37
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annovar报错问题

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老师您好，我本来打算做BSA，因为担心BSA定位区间过多，所以对F2群体中极端个体各40株进行了单株测序，现在打算拿这个数据做一下BSA相关分析，请问如何利用单株测序数据模拟混池测序数据呢，麻烦您了

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我在haplotypecaller的时候没有设置样本倍型，这个数值是默认二倍体吗？不设置对我的结果有什么影响

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老师您好，我问过我们这边的一个老师，他是直接用的我的plink_pca.eigenvec文件直接在R绘制的，并且没有用我的分组信息，直接PCA就可以做出来图，他说可能是我的分组有点问题，但是我用这个分组可以完成进化树和structure绘图，做PCA的图却只有框没有点

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老师您好，我的项目是对一种昆虫的六个不同的土著种进行重测序分析，每个土著种只有一个样品，也就是说我一共只对6个样品进行分析，我目前买了咱们群体结构分析的课程，pca分析好像不太适用于我这么少的样品，想请问老师我除了群体结构分析里的内容还可以针对哪些内容进行分析呢，老师可以给我推荐一些课程

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老师您好，我在进行连锁不平衡分析时，在这一步遇到了问题，这是什么原因呀，我的分组是这样的，是不是因为我的每个分组里只有一个样品才不行呀

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老师您好，我在用iqtree绘图和pca绘图这里都遇到了行列数量不同的情况，但是我的分组是这样的，这个要怎么解决呀

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老师您好，我在fasttree构建系统发育树这一步，程序会被kill掉，看不到报错，前面的程序运行的都没有问题，唯一的一处报错出现在给vcf文件排序这里，但是这一步生成文件了 而且下一步转换格式也没有问题，这个该怎么解决呀

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老师您好，群体结构分析自己的数据时，进行到文件格式转换那一步遇到了问题，报错写的是要将vcf文件正常排序，我自己在网上找到了相应的脚本，却不能正常运行，报错写的是不能生成JAVA虚拟机，我的脚本是不是有什么问题呀，这个应该怎么解决呀

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大家好！我想问下Fst&pi进行选择性消除分析后，得到的fst-pi.A-vs-B.selected.region.txt文件里的信息是A群体受选择的窗口还是A和B总的受选择的窗口？我怎么可以得到A或者B群体受选择的窗口啊

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我想问下基于Fst$pi进行选择性消除分析时，所关注的群体的右边受选择地区域如何找到呀？我看生成文件中是fst-pi.merged.all.txt,这个文件里地窗口内容应该是左右两边受选择的总的窗口

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群体结构分析课程中文件格式转换这一步按着课程代码输入怎么也不成功，这是为什么呀

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GATK生成的vcf文件基因型有不是二倍体的（基因型只有一个值），该怎样理解和处理这些SNP?

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老师你好 我在用gatk合并gvcf文件的时候 系统提示有一个样本的gvcf文件某一行数据出现问题 这种情况应该怎么解决 是需要重新生成这个样本的gvcf文件吗？

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gatk4 HaplotypeCaller报错

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15 老师，你讲的ssr引物设计，我按步奏为什么结果文件是空的

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5 为什么ssr引物设计结果为空