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重测序

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重测问题

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老师，我在分析PSMC时，出现无法查找到染色体名称，fa文件里面的命名是这个样子的，该怎么办啊

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重测序遗传变异过滤

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genome

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cnvpytor

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cnvpytor 不运行

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老师您好，下载镜像失败显示这个该怎么解决？

  • BJFU 2024-11-26 16:44
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重测序文件中的data data 文件打不开

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work.sh.o

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重测序分析

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单倍型分析

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SRA下载

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老师，在第三步vcf文件过滤时，得到的all.clean.vcf文件太小了，宽松设置调整数值后，依旧很小，怎么办啊，有没有其他的方法，可以让最后的数据大一些啊

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SRA数据下载

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老师，麻烦您解答一下

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老师，在生成gbcf文件后，发现只运行了前三个染色体的，是我的代码有问题嘛？该怎么解决啊？参考基因组的fasta，fai文件都是好的，前期生成的bam文件也是好的，样品是四倍体，参考基因组是异源四倍体

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老师，我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入，但是在将gvcf转换成vcf时，发现在Lc2Ns染色体就结束完成了，这是正常现象嘛，是我使用的近源种参考基因组的原因嘛？我的是简化基因组测序的

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老师，问题比较复杂，麻烦您看一下详细的问题描述，小麦基因组

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老师，我有141个样品，现在IndexFeatureFile，tabix，bcftools都无法成功构建gvcf的索引，只有CSI格式能成功索引，这个格式在后续也用不了，这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛，还是说我只能重新生成vcf文件了