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老师，请教一下，用gatk call g.vcf.gz格式的文件是，运行中断了，请问怎么样才能和之前跑的数据接着跑，而不是从零开始呢

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gvcf合并成vcf文件

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建立注释库

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老师您好，我在做变异结果质控，过滤二vcftils.p1代码输入无误但是结果总是显示command not found ，生成文件为空是怎么回事？

  • WHR 2023-10-27 00:18
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重测序分析，bam去重复，建立索引后，call SNP之前的步骤

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专家你好 ，最近手头有一份全基因重测序数据，本人骨科专硕难以解读，所以请教前辈大致解读文件~！

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10 基因组重测序，变异结果注释的时候出现了Error: invalid record found in annovar outputfile

  • 2023-10-18 14:48
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老师您好，请问一下GWAS筛选植物NPK高效因子前需要做什么准备工作

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群体重测序, 进化树中如何添加外群?

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群体结构中的最佳K值

  • 231 2023-10-13 09:52
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structure_plot.r 停止调用

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请问老师为何绘制snp密度图报错？

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参考基因组建立索引为什么生成的unknown—refGeneMrna.fa 和 unknown—refgene.txt 都是0K？

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遗传图谱构建中群体SNP检测与开发

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测序数据质控报告GC分布

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测序reads和参考基因组进行map,参考基因组的fna扩展名的文件和fa扩展名的文件一样吗？需要转换吗？

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PopLDdecay总是显示command option error

  • 231 2023-09-27 15:49
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5 老师好，我在跟着课程实操时，运行gatk call snp时候，使用源代码也报错了，我用的镜像是课程里的v1.1的版本还请老师帮忙看看，谢谢了！

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基因组重测序，read比对到参考基因组时出现truncated file怎么办

  • 2023-09-14 23:09
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老师，您好，我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp运算没有结果，请问老师是什么原因呢？