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重测序中两个GATK运行都失败，显示如下代码和图片，麻烦老师进行解答

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structure样品顺序问题

  • 2023-12-11 15:33
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gVCF文件转换成VCF格式时，已经在后台运行了很久了，突然程序关闭了，报错信息显示：

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SNP过滤问题

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重测序bwa之后排序报错

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系统发育树

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用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

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fastq.gz文件合并

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重测序

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重测序

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请问如何计算总体的pi值？

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变异注释

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请问老师R脚本运行后没有图片输出怎么处理？

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如何对已经筛选的区域进行注释呢？

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如何绘制pi图？

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重测序annovar注释

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请问老师，使用循环导致FORMAT后 样品名字识别错误 无法合并gvcf 怎么办？

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gatk call snp生成的vcf想要打开查看，提示是二进制文件？看不到变异信息 请问哪里出问题了吗？

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老师，请教一下，用gatk call g.vcf.gz格式的文件是，运行中断了，请问怎么样才能和之前跑的数据接着跑，而不是从零开始呢

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gvcf合并成vcf文件