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如何确保.fa和gff3文件的染色体编号一致？手动修改吗；以下是两个基因组的gff和fa

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老师，保留最长转录本中，过程文件出现了take into account

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老师，保留最长转录本之后，提取cds和pep，过程出现这个界面，请问哪里有问题吗？

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老师，这个done之后不动了，开始运行了吗？如何判断呢？

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老师，软连接以后，我的样本名后面加了？这样对吗 在软连接时，我将Rstudio中的gz去掉了，因为我的data数据没有gz

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ls ../data/*.fa. |sed -e "s/.fa.//g" -e "s#../data/##g" > ../id.txt执行这条命令的时候，未能得到id.txt文件；2.想问一下：每次关掉putty的时候，都需要重新dockers run进入吗？3.软连接之后发现01.data prepare里面有玉米的数据了如何删除此01.data prepare？4.现在发现需要上传id.txt文件，将11个样本名输到txt文件里面，通过filezilla上传到data，再进行docker run？

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如何删除01.data prepare呢？

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我执行了#将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./这条操作；在data中rm -f一条一条删除了里面的内容之后，将我的数据上传，执行这条操作之后，软连接的仍然是玉米的数据，而不是我上传在data里的数据

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新安装docker desktop为什么显示docker engine stopped

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搜集的gff3文件；第一列不同，有的是chr，有的是id；这个影响吗？

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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列有的是chr有的是基因id，这个会影响后续结果嘛？

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老师，在putty中如何操作；既可以做自己的数据，又不用删掉示例数据呢？我现在想上传自己的数据；是不是得把之前的demo和data都删掉；我怕内存不够；还是说内存足够，上传的时候传成data2呢

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docker search 出现错误是怎么回事

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老师，我现在在学习泛基因组分析，研究物种是梨；现已找到13个基因组，那我在基因家族鉴定的时候用13个基因组；而泛基因集的构建我需要选择几个？

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gatk GenomicsDBImport

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老师您好，我手上有一个基因的基因序列，通过pfam知道了它属于哪个基因家族，但是没有找到有做过这个基因家族的生信基因家族分析鉴定的文章，请问这种情况下能做基因家族分析吗？该怎么进行呢？

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老师你好，我想问一下，我做基因家族分析，明明之前建了02.hmmsearch这个文件夹，并且做出来的东西也都放在里面，但是我在终端ll一下，显示total0，然后我新建进化树的文件展示已存在但我在文件夹里并没有找到

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10 大家好，我想问一下，做进化树分析，想把一些文件从一个文件夹cp到新建的进化树的文件夹，但是cp的时候说找不到这些文件，但这些文件就在哪里，不知道这是什么原因呢，直接复制粘贴过去也不太行，在终端里ll一下依旧找不到。

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老师，请问我如何操作这4个exl才能得到完整的像课程中的一个VCF？直接复制粘贴exl到一个txt？

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想问一下泛基因组分析时，基因家族的鉴定中选择a个物种；SV分析是文章中构建的b个物种中的；转录组分析是c个物种中的；请问a受b，c的影响吗？a：能不能我找到13个基因组就在13个基因组里面分析呢？而b和c是文章中找到的，利用人家的数据分析自己的基因，这样的理解对吗？