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3 建立进化树

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基因家族建树

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老师您好，利用per脚本去除重复的转录本那一步我执行perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt PTR2_domain_new_out_selected.txt PTR2_remove_redundant_IDlist.txt命令之后得到的文件中只有一行，和老师讲的格式完全不一样，如下图，我也截图了我的gff文件您看是因为它的原因吗？不知道该怎么解决了，请求老师指点一下

  • Jc 2021-12-14 21:08
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circos作图

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blast2go报错，升级blast ncbi-blast-2.3.0+ 到 ncbi-blast-2.6.0+ 报错

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热图报错

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老师您好，不同样本使用的引物不同，课程提供的脚本在去噪这一步以及后续物种注释都只有一个引物。如何对不同引物进行统一的物种注释和多样性分析？

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老师。我在做mcscan时说是打不开这个java，这是怎么回事啊

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老师，我在做这一步是老是显示404not found,这是怎么回事啊

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Win10家庭版装Docker桌面版出现问题

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老师我在做mcscan时，生成AT.blast很长时间都出不来

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cytoscape软件中cytohubba计算问题

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同一目下边的俩物种，基因组测序数据mapping率只有20%，这合理吗？

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5 老师您好，您之前的文章有一篇《TCGA临床数据各列含义》，有一部分临床数据找不到，请问有没有官方文档可以找到全部临床数据各列含义？

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老师好 我在用qiime2进行机器学习时，报错Error: QIIME 2 has no plugin/command named 'rescript'，我应该怎么安装这个插件呢？

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老师，您好，我有一个问题不知道怎么解决，想要问您一下 我在学习基因家族分析的课程中，按照课程对WRKY家族分析，最后将WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件输入CDD检测时和老师得到的结果不一样，一个domain都没有搜到，用smart搜索结果是和老师做的一样，为什么用CDD搜不到呢？图片中是我搜到的结果，右边框框中都是零，我换了老师做出来的这个文件搜索也是这个结果，这是为什么呢？

  • Jc 2021-12-08 20:03
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windows家庭版，安装不了docker怎么办。买个课程卡在安装软件这了

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wins家庭版无法开启Hyper-V

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情况是这样，去年我测了一个转录组，当时我做的物种还没测全基因组，也就是当时是无参的情况，今年最近该物种的全基因组数据发布了，我在全基因组中做了一个基因家族的分析，然后想在去年测得转录组中找到全基因组中相对应的基因，然后看其表达量，能否通过简单blast实现？或者有其他更为准确地方法吗？请各位老师赐教。

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30 我买了转录组分析的课程，在运行fpkm_and_plot.R脚本时提示Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Execution halted， 我打开R语言安装getopt后仍然显示报错，请教各位大神和组学讲堂的老师